این کمیسیون در قالب چهار کمیته تخصصی شامل کمیته تجارت (بازرگانی، صنایع و اتاق‌های بازرگانی، بانکی، گمرکی و بیمه)، کمیته زیر ساخت (راه و شهرسازی، کشاورزی و فناوری اطلاعات و ارتباطات و کار)، کمیته اجتماعی و فرهنگی (گردشگری و صنایع‌دستی، بهداشتی، علوم و پژوهش، قضائی و حقوقی) و کمیته انرژی (آب و فاضلاب، برق و نقت و گاز و محیط‌زیست) برگزار می‌شود، در خلال آن تفاهم‌نامه‌ها و توافقات دو کشور موردبحث و تبادل نظر قرار خواهد گرفت و در سایه آن زمینه‌های لازم برای پیشبرد توافقات و اقدامات عملی فراهم خواهد شد.
در کمیته تخصصی تجارت ۱۷ نماینده، کمیته زیرساخت ۶ نماینده، کمیته انرژی ۷ نماینده و کمیته اجتماعی ۱۱ نماینده در سطح مدیران کل از همه دستگاه‌های دولتی حضور خواهند یافت.
در ادامه نگاهی اجمالی به بررسی سوابق همکاری‌های اقتصادی دو کشور در قالب کمیسیون مشترک ایران و قطر خواهیم داشت، این همکاری‌ها از سال ۱۳۷۴ آغاز شده و تاکنون ادامه دارد و در بخش آب و برق نیز دارای دستاوردهای مهمی را به همراه داشته است.
